בעבר הרחוק מאד שימש הווניל את שליטי מקסיקו במאה ה-15 וה-16 למטרות טקסיות וגם בכמה משקאות, לרבות כאלה העשויים מתירס טחון ושוקולד. אלה, הגיעו לאירופה תודות לספרדים, שהחזירו אותם מהעולם החדש יחד עם שוקולד, צ'ילי, עגבניות ורכיבים נוספים. האירופאים מצאו שימושים רבים נוספים לווניל, ובעיקר שילובו עם מוצר קולוניאלי אחר, סוכר ממטעי קני הסוכר החדשים באיי הודו המערבית, כדי להכין קינוחי וניל שהפכו לפופולאריים מאד בקרב אלה שיכלו להרשות לעצמם, שהיו העשירים והחזקים. באותו התקופה גם נוצרו המתכונים הראשונים לגלידת וניל, קרם ברולה ומנות אחרות בעלות טעמים של וניל.

לספרד היה אז מונופול מוחלט על וניל, שכן אף אחד אחר לא הצליח להבין אך לגדר אותו מחוץ למקסיקו, וזה לא שלא ניסו. היו ניסיונות ברחבי המושבות הטרופיות של אירופה בתחילת המאה ה-19, ואפילו בחממות מסוימות במדינות הקרות מאד של מערב אירופה. הצמחים צמחו באופן תקין, ואפילו שגשגו ופרחו, אבל כמעט ולא הפיקו פרי, מה שהיה מתסכל מאד באותן השנים. פריצת הדרך הגדולה התרחשה בשנת 1841, באי הידוע אז בשם איל דה בורבון (Île de Bourbon), המוכר כיום בשם Réunion. האי שוכן מול חופי מדגסקר, בדרום האוקיינוס ההודי. אז, כמו עכשיו, זו היתה מושבה צרפתית. ולכן, אם אתם מזהים את הכתוב "Bourbon Vanilla" על אריזת תמצית הווניל, זו הסיבה. אין לכך שום קשר לוויסקי, אלא על שמו של האי, שהצליח להפיק וניל בקנה מידה גדול.

בשנת 1841, עבד צעיר בן 12 בשם אדמונד אלביוס, גילה את הפתרון לבעיה שהטרידה כמה מהמוחות המבריקים ביותר באירופה ובמושבותיה. אלביוס היה ידוע כבהיר מאד. הצרפתי שהיה הבעלים שלו, Ferreol Bellier-Beaumont, היה בוטנאי שהבין במהירות שלאלביוס יש כישרון לצמחים, ולכן הפך אותו לעוזרו (מבלי להחזיר לו את חירותו, בשלב זה).

פרח הווניל הוא הרמפרודיטי, כלומר, יש לו איברי רבייה זכריים ונקביים כאחד. הוא מסוגל להתרבות באופן מלא אם איבריו, הזכריים והנקביים, נוגעים זה בזה, ולהתחיל לייצר פרי במהירות רבה. אבל לווניל, מסיבה בלתי נתפסת, יש קרום דק בין האיברים שלו, מה שמונע מזה לקרות. אלביוס הבין, אודות לניתוח פרחוני זריז שביצע, שאם הוא יחורר את הצד של הפרח עם חתיכת עץ קטנה וחדה, הוא יוכל להזיז את הקרום הזה ובעזרת אצבעותיו בלבד לדחוף את איברי הרבייה זה לזה.

אלביוס לא קיבל אף אחד ממיליארדי הדולרים שהתגלות הזו הביאה איתה, ולמרות ששוחרר ב-1848  כאשר העבדות הוצאה אל מחוץ לחוק באי, חייו היו אכזריים והוא מת עני ב-1880. אולם עד אז, צרפת אימצה את אלבוס כעבד לחיקה והתחילה לייצר וניל בכמויות המוניות במקומות הטרופיים.

מדגסקר היתה, מבחינה הגיונית, המקום המתאים לגידול וניל וכמה סיבות. היא היתה קרובה לאי Réunion וההימור שהווניל יגדל גם בה די טוב היה נכון. הוניל גדל בכל האזורים הטרופיים, אבל לא הצליח באותה המידה בכל מקום. הוא היה צריך מזג אוויר חם ולח מאד, אבל לא חם מדי, ולכן הוא אהב להיות ליד האוקיינוס. הוא גם היה זקוק לעונה יבשה משמעותית כאשר הווניל פורח וניתן להאבקה. במדגסקר יש שתי עונות למחצה יבשות בכל שנה, בהפרש של כמה חודשים, מה שאיפשר ריבוי רב עוד יותר.

מדגסקר היא ענקית והתגוררו בה המונים, שניתן היה "להשתמש" בהם כעבדים. הצרפתים פלשו אליה בשנת 1895 ולמרות שהם ביטלו את העבדות מיד, העם המלגזי היה תחת שליטה צרפתית מוחלטת. לפתע, לצרפתית היה אי, מושלם לגידול רווחי במיוחד, מלא באנשים שניתן "להשתמש" בהם לעבודות פרך במטעים הטרופיים.

אבל, במשך עשרות שנים, מדגסקר ואיים אחרים באוקיינוס ההודי לא הצליחו לייצר ווניל כמו הווניל המקסיקני. הגילוי של אלביוס התפשט לארץ הולדתו של הוניל, ומקסיקו החלה לספק וניל לעולם כולו. ארצות הברית היתה אז, וכך גם כיום, הקונה הגדולה ביותר של הוניל וכיום היבואנית המובילה של התבלין. במידה רבה אפשר לומר שהדבר קרה תודות לתומס ג'פרסון, שגילה את הווניל בצרפת והפך את השימוש הנפוץ ביותר בווניל בגלידה. מקסיקו היתה הספקית לשוק האמריקאי ואילו הוניל שיוצר במדגסקר לא כובד, ולכן המשיך לצרפת ולשאר אירופה.

המהפכה המקסיקנית פרצה בשנת 1910 וקרבות מלחמת אזרחים עקובים מדם צצו בכל רחבי המדינה. הם הגיעו אפילו למחוזות גידול הווניל בסביבות 1914, והשביתו את החוות, בהן גידלו אותו. תיאורטית, היה לוקח שנים, כנראה עשרות שנים, להתאושש מכך, אבל למקסיקו מעולם לא היתה הזדמנות לעשות זאת. ב-1932 התגלו מאגרי נפט ענקיים בפוזה ריקה (Poza Rica), מרכז ייצור הווניל המקסיקני ומכיוון ששום דבר לא יכול היה, באותה התקופה, להתחרות בנפט, נזנח הווניל בצד. בנוסף לכך, החלה כריתת יערות המונית ששינתה את המערכת האקולוגית והקשתה על גידול הוניל. ללא היערות, לסחלבי הווניל לא היה לאן לטפס ובלי העצים הלחות ירדה באופן משמעותי ויצרה סביבה לא ידידותית לצמחים חובבי הלחות.

בשלב זה היה עוד איום עצום על תעשיית הווניל, בדמות ווניל סינטטי. ונילין שהופק לראשונה ב-1874 מקליפת עץ אורן ובתחילת שנות ה-1900 הציף את השוק. העשורים המוקדמים של המאה ה-20 היו פריחה לגילויי טעמים מלאכותיים, ואף אחד לא היה בטוח כיצד נכון לתייג אותם. וניל סינטטי הפך להיות הרבה יותר זול מווניל.

החל משנות ה-60, ארצות הברית, החלה לדרוש סימון של חומרי טעם וריח מלאכותיים, כולל ונילין סינטטי. כדי לזרום עם הרעיון, יצרה בשנת 1968 חברת Vanilla Alliance, חברה מצרפת המייצרת וניל מדגסקר, תווית ייעודית שנועדה תיאורטית לספר לצרכנים מתי הם מקבלים וניל אמיתי ומתי וניל סינטטי. במציאות, התווית המיוחדת הזו, חלה רק על וניל ממדגסקר, לא מטהיטי או פפואה גינאה החדשה, וגם לא ממקסיקו. התווית הזו היתה חלק מקמפיין שיווקי כדי לקדם את נפלאותיו של הוניל הטהור של מדגסקר. בארצות הברית תוויות הסימון היו חובה על פי החוק, אך התווית שהתייחסה לווניל היתה בגדר רשות. אבל, בעוד שהיא היתה קיימת, השפיעה תווית זו בשנות ה-80 של המאה הקודמת על קשירתו של הקשר בין ווניל טהור למדגסקר.

כיום, מדגסקר נותרה בראש רשימת המדינות המייצרות וניל מכמה סיבות. עדיין יש בה אקלים טוב לגידול וניל וכמה אזורים בה מיוערים מספיק כדי להציע את התנאים האידאליים לסחלבי הווניל. יחד עם זאת, וזהו פרט חשוב, השכר במדגסקר הוא נמוך מאד, לרבות שכר המינימום לעבודה חקלאית, שנמוך פי 10 עד 15 ממדינות אחרות שמגדלות וניל. עובדה זו היא חלק מאתגרים רבים שנותרו במדינה. עבור יבואנים, בעיקר אירופאים ואמריקאים, המחירים בלתי צפויים ודורשים ערנות מתמדת ולקיחת סיכונים. המחיר של וניל יכול לעלות ל-600 דולר לכמעט חצי קילו של וניל ושבוע שלאחר מכן לרדת ל-20 דולר לקילו, מה שגורם להימורים על עתידו של הווניל. עם זאת, הבעיה מחווירה בהשוואה לחייהם המטורפים של חקלאי הווניל במדגסקר, שאולי יצטרכו לישון ליד היבול שלהם עם מצ'טה ביד כדי להרחיק גנבים.